竹本武（水岛大宙 配音）是一个充满了正义感的普通少年。某一日，森林中的一个发光物体吸引了武的注意，随后，少女光（川澄绫子 配音）从光芒之中破茧而出。光的存在给武带来了许多的快乐，但她的神秘身世一直都像一道阴影一样投射在两人的生活中。 　　与此同时，一位名叫明（清水爱 配音）的少女和竹本武亲梅竹马的好友二之宫良（泷本富士子 配音）相遇了，就这样，天真善良的四人渡过

近未来的日本，一个叫做“疏濑”的城市中，市民过着平凡的生活，只不过，在城市的一角，山冈上面耸立着医疗机器制造厂建造的外形酷似熨斗的工厂，每天固定时刻，那个工厂都像刚烫完东西一样散发出大量蒸汽。

世界各地を巡り、ネウロイと戦う人々や故郷を追われた人々に、ひとときの安らぎと心の癒しをもたらす異色の航空団それが彼女たち「音楽隊ウィッチーズ」戦ってみんなを守る統合戦闘航空団のウィッチ達とは真逆...