突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。 　本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机

“会长，你在干什么……”“是正孝，纯也。”会长一边用粗糙的绳子捆住我挣扎的双手，一边命令我叫他的名字。“给我看看。”本间总经理用他平时工作时的语气命令道，然后轻轻地把我抬起来。就在我感觉到入口处有什么灼热的东西时，它深深地刺入了我的身体。“看。”新美把手放在我的大腿上，将它们分开。两头野兽融为一体。