白郎国被幼狮军摧毁，幼狮军继续侵略世界各地。就在白郎国覆灭前夕，一些忍者带着年轻的公主逃离。十多年过去了，为了晋升考试，樱和她的朋友们一直在秘密训练，准备击败幼狮军。她们试图从白郎城盗取一份卷轴。与此同时，幼狮军的忍者大军也开始行动了。

六年级的小学生进藤光（川上友子 配音）无意中翻出了爷爷家的旧棋盘。触碰棋盘的一瞬间也释放出了寄居在其上的平安时代棋士藤原佐为（千叶进步 配音）的灵魂。附身于小光体内的佐为视棋如命，小光在其软磨硬泡下开始下围棋，接触了一批厉害的棋士，其中不乏他的同龄人。小光开始对围棋产生兴趣并展现了他的天分，而佐为则成为了小光的秘密老师…… 　　《棋魂》改变自堀田由美的同名作品，

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