上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。

数千年来，来自东方的忍者刺客只是被当作一个传说，然而柏林的法院调查员米卡（娜奥米·哈里斯 Naomie Harris 饰）在调查一系列政治暗杀案时却把目标锁定在这个传说中古老而又成熟暗杀组织。通过秘密调查，米卡得知一个叫奥祖奴的暗杀集团，而且在一盘监控录像里，米卡看到一张年轻的东方面孔，这个人叫雷藏（Rain 饰）。雪藏年幼时即被奥祖奴的暗杀集团收养，并且把他训练为一个出色的忍者刺客。然而善良的雪藏并未在兽化的训练中泯灭良知，最终因厌倦杀戮而逃离集团，并且隐居于柏林。此时，米卡已成为暗杀集团的追杀对象，在危急关头，雷藏及时出现救下米卡。雪藏希望得到米卡的帮助，从而彻底摧毁奥祖奴……

不久之前刚刚经历丧妻之痛的约翰·威克（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰），未曾料到磨难与折磨接二连三袭来。他那辆1964年的福特老爷车被一伙俄罗斯小混混盯上，旋即引来对方入室抢劫，心爱的狗狗被当场杀死，约翰也遭到无情毒打，那辆老爷车自然被对方抢走。偷车的混混（阿尔菲·艾伦 Alfie Allen 饰）是黑帮大佬维格•塔拉索夫（迈克尔·恩奎斯特 Michael Nyqvist 饰）的儿子，而维格在听说这件事后显得紧张非常，因为约翰有着令人胆战心惊的身份。他曾是名震江湖的冷血杀手，当年替塔拉索夫杀掉不少难缠的对手，后来却为了妻子金盆洗手。