只对女性有反应、世界最强的超级兵器“Infinite Stratos”，通称IS。因为IS的问世，性别平等被破坏，世界变成女尊男卑的社会。主人公织斑一夏在高中的入学考试时误入IS操纵者育成学校“IS学园”的考试会场，并意外地启动了IS。成为全世界关注“世界上唯一能操纵IS的男性”的一夏，被政府强制就读向来只有女性的IS学园。于是，织斑一夏从成为女校中的万红丛中一点绿，从他青梅竹马的剑道少女筱之之帚开始，不同国籍不同性格的少女们围绕着织斑一夏开始了一场波澜壮阔恋爱战斗剧场。突然侵袭的敌人，IS隐藏的秘密，以

加纳慎一（花江夏树 配音）是一个不折不扣的宅男，在初次告白被拒绝之后，慎一就过起了深入简出的御宅生活。可是，老是呆在家里总也不是个办法，抱着这样的念头，慎一决定外出工作，在一番可疑的面试之后，慎一竟然成为了“安缪特克负责人”。

召集了各个分野上的超一流的高中生，为培育他们成长而设立的政府公认特权学园「私立希望之峰学园」。在这个学园，存在着云集了超高校级的才能的"本科"，与只要支付了高额学费就谁都能够入学的"预备学科"两个学科。 不仅仅是才能，连性格也充满了个性的第77期本科生。他们不只是固执于他们的才能，而是学习到了『对于人生来说重要的不是才能，是在与人之间的交流中研磨人格与创造回忆』，各自像普通的高中生一样讴歌着学园生活。