21世纪已过半，世界各国都有英雄，各具特色且拥有超人般的力量。然而日本的英雄「SHY」却是个极度腼腆怕羞的人。虽然不善于面对众人、社会的眼光，但还是在苦恼之中努力解救需要帮助的人！

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

电击文库最畅销的轻小说《魔法禁书目录》曾在2008年10月由J.C.Staff改编成同名TV动画并大获好评，其外传《某科学的超电磁炮》也于09年10月改编成TV动画，相信不少观众早已拜倒在炮姐裙底的安全裤上。5月20日从日本著名的映像出版会社TSUTAYA传出了2010年秋天动画二期的图片。

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

和泉（梅田修一朗 配音）是一个拥有不幸体质的男生，总是会莫名其妙的被卷入到各种各样的麻烦之中。虽然倒霉连连，但和泉性格乐观开朗，不管发生怎样的灾难，都不会唉声叹气。式守（大西沙织 配音）是和泉的女友，表面看来，式守温温柔柔，非常的容易相处，但一旦和泉遇到了什么麻烦事了，式守就会立刻改变往日的风格，露出让人意外的一面。

昭和末年，年轻的钢琴师博于日本银座的歌厅演奏，一边寻找爵士乐真谛。在神秘帮派分子的怂恿下，博弹奏起电影《教父》的主题曲〈Love Theme〉，未料这首曲子有个广为人知的禁忌：统治银座地下世界的帮派首领，只允许他最锺爱的钢琴师南弹奏此曲。一首乐曲的演奏，意外牵连两个钢琴师的命运，也揭开银座夜晚谜样的序幕。

东京都高度育成高中，是以升学率、就业率100%为荣，每月支付相当于10万日元金钱的梦想学校。但是，其内在是只有一部分成绩优秀者才能得到好待遇的实力至上主义学校。

岩谷尚文（石川界人 配音）是一个内心里充满了正义感的青年，对世界上发生的很多不公平的事情都深感愤怒。一次偶然中，他被传送到了异世界里，成为了能够使用各种各样不同功能的盾牌的盾之勇者。本以为可以就此展开伸张正义的旅途，哪知道刚刚过去几天，他就经历了战友的背叛，而且丢掉了所有的财物。尚文发誓再也不要信任这个世界里的任何人了。

击败四大圣兽“灵龟”的盾之勇者岩谷尚文，击败了灵龟在异世界复活的罪魁祸首京，

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